Кафедра истории Казахстана является ведущей кафедрой Костанайского регионального университета имени Ахмета Байтұрсынұлы.
После распада СССР, в декабре 1991 года, начался процесс преобразования кафедр истории КПСС в кафедры истории Казахской ССР. В 1992 году Костанайский педагогический институт был реорганизован в Костанайский государственный университет 50-летия СССР. С 1 сентября кафедра истории и культуры Казахстана начала свою деятельность на историческом факультете КГУ. Первым заведующим кафедрой стал кандидат исторических наук, доцент М.Ә. Ауған.
В сентябре 1994 года в Костанайском сельскохозяйственном институте была создана кафедра истории Казахстана, которую возглавил доктор исторических наук, профессор А.Күзембайұлы. В результате слияния этих институтов с Костанайским государственным университетом в 1999 году одноименные кафедры были объединены.
В 2004 году в связи с отделением педагогического института от университета была создана кафедра истории Казахстана. Заведующим кафедрой назначен доктор исторических наук, профессор А.Күзембайұлы. С 2005 года кафедру истории Казахстана возглавляли кандидаты исторических наук, доценты Шахаман З.Б., Наурызбаева Э.К., Бекмагамбетова М.Ж. С ноября 2018 года по настоящее время заведующим кафедрой является доктор PhD Байдалы Р.Ж.
В разные годы на кафедре работали доктора исторических наук, профессора З.А. Алдамжар, А.Күзембайұлы, Е.А. Әбіл, В.Ф. Зайберт, кандидаты исторических наук, доценты, ассоциированные профессора К.Ж. Таскужина, Н.М. Жумабаев, Л.К. Мукатаева, А.К. Мухтар А.Т. Ахметова, У.К. Жанатаева, А.Б. Таскужина, Г.К. Асанова и магистры К. Кийсхан, К.К. Абильмаликов, М.М. Козыбаева, К.Е. Мырзахметов, Е.Додай, Н.Елкей, Д.Муратулы, Д.Калиев, Д.Абенов и старший преподаватель М.А. Тулегенова.
В настоящее время на кафедре истории Казахстана работают доктора исторических наук, профессор А.Күзембайұлы, кандидаты исторических наук, доценты О.И. Исенов, З.Б. Шахаман, Г.З. Балгабаева, М.Ж. Бекмагамбетова, Е.В. Ярочкина, Р.К. Бекмагамбетов, Э.К. Наурызбаева, А.Б. Шалгимбеков, доктор PhD Р.Ж. Байдалы, магистры А.Б. Анасова, Т.А. Еришева, Г.Б. Тастекова, Э.Т. Нурпеисова, А.О. Туребаев.
Профессорско-преподавательский состав кафедры истории Казахстана ведет дисциплину «История Казахстана» для всех образовательных программ университета, готовит учителей истории и преподавателей для высших учебных заведений по образовательным программам 6В01601 – «История», 6В01603 – «История и обществознание», 7М01601 «История» (степень магистра).