Қазақстан тарихы кафедрасы Ахмет Байтұрсынұлы атындағы Қостанай өңірлік университетінің жетекші кафедрасы болып табылады.
КСРО ыдырағаннан кейін 1991 жылдың желтоқсанында КОКП тарихы кафедраларын Қазақ КСР тарихы кафедрасына айналдыру процесі басталды. 1992 жылы Қостанай педагогикалық институты КСРО-ның 50 жылдығы Қостанай мемлекеттік университеті болып қайта құрылды. 1 қыркүйектен бастап ҚМУ тарих факультетінде Қазақстан тарихы мен мәдениеті кафедрасы жұмыс істей бастады. Кафедраның алғашқы меңгерушісі тарих ғылымдарының кандидаты, доцент М.Ә. Ауған болды.
1994 жылдың қыркүйек айында Қостанай ауыл шаруашылығы институтында Қазақстан тарихы кафедрасы құрылып, оны тарих ғылымдарының докторы, профессор А.Күзембайұлы басқарды. Бұл институтардың 1999 жылы Қостанай мемлекеттік университетімен бірігуінің нәтижесінде аттас кафедралар біріктірілді.
2004 жылы университет құрамынан педагогикалық институтының бөлінуіне байланысты Қазақстан тарихы кафедрасы құрылды. Кафедра меңгерушісі болып тарих ғылымдарының докторы, профессор А. Күзембайұлы тағайындалды. 2005 жылдан Қазақстан тарихы кафедрасын тарих ғылымдарының кандидаттары, доцент З.Б. Шахаман, Э.К. Наурызбаева М.Ж. Бекмағамбетова басқарды. 2018 жылдың қарашасынан бастап бүгінгі күнге дейін кафедра меңгерушісі PhD доктор Р.Ж. Байдалы.
Әр жылдары кафедрада тарих ғылымдарының докторлары, профессор З.Алдамжар, А.Күзембайұлы, Е.А. Әбіл, В.Ф. Зайберт, тарих ғылымдарының кандидаттары, доцент, қауымдастырылған профессорлар К.Ж. Таскужина, Н.М. Жұмабаев, Л.К. Мұқатаева, Ә.Қ. Мұқтар, Ұ.Т. Ахметова, Ұ.К. Жанатаева, А.Б. Таскужина, Г.Қ. Асанова жұмыс істеді. Сонымен қатар магистрлар Қ.Қыйсхан, Қ.К. Абильмаликов, М.М. Қозыбаева, Қ.Е. Мырзахметов, Е.Додай, Н.Елкей, Д.Мұратұлы, Д.Қалиев, Д.Әбеновтер және аға оқытушы М.А. Төлегенова ұстаздық жасады.
Қазіргі таңда Қазақстан тарихы кафедрасында тарих ғылымдарының докторлары, профессор А.Күзембайұлы, тарих ғылымдарының кандидаттары, қауымдастырылған профессорлар Ө.И. Исенов, З.Б. Шахаман, Г.З. Балғабаева, М.Ж. Бекмагамбетова, Е.В. Ярочкина, Р.К. Бекмагамбетов, Э.К. Наурызбаева, А.Б. Шалгимбеков, PhD доктор Р.Ж. Байдалы магистрлар А.Б. Анасова, Т.А. Еришева, Г.Б. Тастекова, Э.Т. Нурпеисова, А.О. Туребаевтар жемісті еңбек етуде.
Қазақстан тарихы кафедрасының профессор-оқытушы құрамы университетіміздегі барлық білім беру бағдарламарына Қазақстан тарихы пәнін жүргізіп, 6В01601 – «Тарих», 6В01603 – «Тарих және қоғамтану», 7M01601 «Тарих» (магистратура) білім беру бағдарламалары бойынша тарих пәнінің мұғалімдері мен жоғары оқу орындарына ұстаздарды дайындайды.